Заповедник организован Постановлением Совета Министров Казахской ССР от 4 августа 1976 года № 365 для сохранения и изучения природных комплексов южной части Алтая, разработки методов восстановления биоценозов черневой тайги, изучения экологии и динамики численности рыб водоема оз.Маркаколь.
Первоначальная площадь заповедника составляла 71 367 га, из них на сушу приходилось 26 917 га, на акваторию озера - 44 450 га.
В 1987 году к заповеднику были присоединены восточная и северо-восточная части оз. Маркаколь от Жукова ключа до р.Тихушки, а также среднее течение р.Тополевки. Вся акватория водоема стала заповедной. Общая площадь заповедника стала 75 040 га.
Согласно Постановления №1214 от 11.12.2007 года площадь Маркакольского государственного природного заповедника увеличена на 27 931 га (за счет присоединения земель запаса 11673,6 га и земель лесного фонда - 16 257,4 га).
Общая площадь заповедника составила - 102 971 га.
Наименование государственного органа, в ведении которого находится особо охраняемая природная территория
Комитет лесного хозяйства и животного мира Министерства экологии, геологии и природных ресурсов Республики Казахстан
Местонахождение особо охраняемой природной территории
Маркакольский государственный природный заповедник расположен на востоке Республики Казахстан, в Маркакольской котловине гор Южного Алтая.
В административно-хозяйственном отношении заповедник расположен на территории Курчумского района Восточно-Казахстанской области в 250 км восточннее с. Курчум и в 500 км юго-восточнее г. Усть-Каменогорск, центральная усадьба заповедника находится в с. Урунхайка.
Описание границ особо охраняемой природной территории
Территория заповедника находится в пределах Маркакольской котловины. Маркакольский государственный природный заповедник включает в себя три заповедных участка – озерный, горно-лесной, южный горно-лесной.
Озерный заповедный участок: граница заповедника проходит по урезу воды акватории озера Маркаколь, полностью охватывая озеро.
Северный горно-лесной заповедный участок: граница участка проходит с ГУ «Маркакольское лесное хозяйство» до квартального столба № 6-7, далее с севера северо-запада с землями Госземзапаса и по побережью озера Маркаколь включая лесной квартал 25.
Южный горно-лесной заповедный участок: граница проходит на юго-восточном побережье озера Маркаколь на юго-запад по границе с ГУ «Маркакольское лесное хозяйство» и далее по границе с землями Госземзапаса.