Организован согласно постановлению Правительства Республики Казахстан от 1 марта 2004 года № 249 «О создании государственного учреждения «Каратауский государственный природный заповедник» Комитета лесного и охотничьего хозяйства Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан».
Заповедник имеет статус юридического лица в форме государственного учреждения.
Каратауский заповедник - самый молодой среди заповедников нашей страны. В 1975 г. академик Б.А.Быков выдвинул предложение об организации заповедника для охраны уникальной флоры хребта Каратау площадью 140 тыс.га. В дальнейшем площадь планируемой территории была уменьшена до 41,4 тыс.га. Из-за несогласованности с администрацией Сузакского района, территория для заповедника в конечном итоге была отведена только в пределах Туркестанского района ЮКО с составила 34,3 тыс.га
Наименование государственного органа, в ведении которого находится особо охраняемая природная территория
Комитет лесного хозяйства и животного мира Министерства экологии, геологии и природных ресурсов Республики Казахстан
Местонахождение особо охраняемой природной территории
Туркестанская область, город Туркестан.
Описание границ особо охраняемой природной территории
Каратауский заповедник расположен в центральной части хребта Каратау, который является ответвлением северо-западных дуг Тянь-Шаня на территории Туркестанской области. Граничит с пустынями Мойынкум, Кызылкум, Бетпак-Дала. Площадь заповедника занимает 34 300 га. Хребет имеет асимметричное строение. Юго-западный склон его широкий и сравнительно-пологий. Северо-восточный и северный склоны отличаются значительной крутизной. Наивысшая точка хребта — гора Мынжилки — верховья Бессаз с отметкой 2 176 м.