В 1929 году на острове Барсакельмес было организовано охотничье хозяйство Союзпушнины для разведения и промысла суслика-песчаника, которого завезли на остров вместе с джейранами, сайгаками, зайцами-русаками, серыми куропатками, сырдарьинскими фазанами.
10 декабря 1939 года на базе охотничьего хозяйства на острове Барсакельмес был организован заповедник (Постановление Совета народных Комиссаров Казахской ССР №973), принадлежащий Главному управлению заповедников и охотничьего хозяйства при Совете Министров Казахской ССР. Площадь его составляла 18 000 га.
В связи с отсутствием финансирования 1990-2000 годов деятельность заповедника была приостановлена и вновь реанимирована в 2002 г. после соединения острова с материком и возможности проезда по новой суше. Превращение острова в полуостров и компактное местообитание куланов в районе бывшего острова Каскакулан поставили задачу расширения территории заповедника.
В 2005 г. было принято постановление Правительства РК №1162 от 25 ноября 2005 года о расширении его территории и, площадь увеличилась почти в 10 раз, до 160 826 га.
Наименование государственного органа, в ведении которого находится особо охраняемая природная территория
Комитет лесного хозяйства и животного мира Министерства экологии, геологии и природных ресурсов Республики Казахстан
Местонахождение особо охраняемой природной территории
Кызылординская область, Аральский район, г.Аральск, ул. Жанназар Алимбетов, д. 1.
тел. 8 (725433) 21466, факс 8 (72433) 21201
Описание границ особо охраняемой природной территории
Территория заповедника состоит из двух кластерных участков — «Барсакельмес» и «Каскакулан». Участок «Барсакельмес» включает в себя прежнюю территорию заповедника (16 975 га) и осушенное дно моря, общая площадь 50 884 га (из них заповедное ядро — 37 725 га, буферная зона — 13 159 га). Участок «Каскакулан» занимает 109 942 га (заповедное ядро — 68 154 га, буферная зона — 41 788 га). Две разрозненные части заповедника соединены экологическим коридором.